Do zadań samodzielnego stanowiska ds. informacji niejawnych, pełnomocnika ds. ochrony informacji niejawnych należy:

1.  Zapewnienie ochrony informacji niejawnych, w tym stosowanie środków bezpieczeństwa fizycznego.
2.  Zapewnienie ochrony systemów teleinformatycznych, w których są przetwarzane informacje niejawne.
3.  Zarządzanie ryzykiem bezpieczeństwa informacji niejawnych, w szczególności szacowanie ryzyka.
4.  Kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji, w szczególności okresowa (co najmniej raz na trzy lata) kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów.
5.  Opracowywanie i aktualizowanie, wymagającego akceptacji kierownika jednostki organizacyjnej, planu ochrony informacji niejawnych w jednostce organizacyjnej, w tym w razie wprowadzenia stanu nadzwyczajnego i nadzorowanie jego realizacji.
6.  Prowadzenie szkoleń w zakresie ochrony informacji niejawnych.
7.  Prowadzenie zwykłych postępowań sprawdzających oraz kontrolnych postępowań sprawdzających.
8.  Prowadzenie aktualnego wykazu osób zatrudnionych lub pełniących służbę w jednostce organizacyjnej albo wykonujących czynności zlecone, które posiadają uprawnienia do dostępu do informacji niejawnych, oraz osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub je cofnięto, obejmującego wyłącznie.
9.  Przekazywanie odpowiednio ABW lub SKW do ewidencji danych osób uprawnionych do dostępu do informacji niejawnych o klauzuli „poufne”, a także osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub wobec których podjęto decyzję o cofnięciu poświadczenia bezpieczeństwa.
10. Zawiadomienie kierownika jednostki organizacyjnej o naruszeniach w jednostce organizacyjnej przepisów o ochronie informacji niejawnych oraz podejmowanie niezwłocznie działań zmierzających do wyjaśnienia okoliczności tego naruszenia oraz ograniczenia jego negatywnych skutków.
11. Zawiadomienie ABW w przypadku stwierdzenia naruszenia przepisów o ochronie informacji niejawnych o klauzuli "poufne" lub wyższej.
12. Ewidencjonowanie oraz przechowywanie dokumentów niejawnych.